As categorias de base da Ferroviária são parte fundamental do projeto do clube, pois unem sua história ao presente, visando um futuro cada vez mais promissor. O objetivo é se tornar referência no interior do estado de São Paulo e honrar a tradição do clube de formar grandes jogadores, que vem desde a década de 60.
A base é composta por jovens de 13 a 20 anos, entre jogadores de outras cidades e talentos de Araraquara e região, que recebem orientações visando a prática do esporte de alto rendimento e o desenvolvimento como bons cidadãos, em sintonia com a história do clube e com valores como ambição, coragem, esforço e profissionalismo.
O trabalho é direcionado à facilitação do acesso dos atletas da base à equipe principal, com integração total entre todos os setores. Ainda que respeitando as peculiaridades de cada categoria, a metodologia de trabalho possui uma linha mestra que permite a adaptação mais natural possível dos atletas à equipe profissional.
Ao todo, são 78 jogadores, que passam sete anos de sua formação nas categorias Sub-15 (28 jogadores), Sub-17 (26 jogadores) e Sub-20 (24 jogadores). Os jovens trabalham junto a um staff de profissionais graduados e pós-graduados, todos com experiência na formação de jogadores de futebol adaptados às atuais exigências desse segmento profissional.